El sitio de localiza en un lomerío de corozos (palmas), especie muy característica del sur de la península de Yucatán y el Petén beliceno y guatemalteco. Debe su nombre precisamente a esta característica geográfica, pues Kohunlich proviene del inglés cohoonridge (corozal o lomerío de corozos), que era el nombre de un antiguo campamento maderero ubicado en la zona hacia los anos veinte o treinta del siglo XX. Cuando fue visitado por primera vez en 1912 por el arqueólogo norteamericano Raymond Merwin, se le llamó Clarksville, en alusión al nombre de otro campamento que funcionaba en las inmediaciones del sitio.

La ciudad prehispánica se localiza en las tierras bajas mayas del sur, en una zona en la que es posible reconocer la presencia de ciertos vínculos con otras regiones del mundo maya, particularmente del Petén guatemalteco y de Río Bec en Campeche. Pero Kohunlich no supone simplemente la mezcla de influencias diversas, sino que muestra un estilo propio, tanto en la arquitectura como en la iconografía y la producción de cerámica.

El sitio se había fundado hacia el ano 200 antes de Cristo, cuando se construyeron algunas plataformas de mampostería en el área del conjunto Ya'axná, el más antiguo del asentamiento. Posteriormente, y hasta la última parte del periodo Clásico Temprano (aproximadamente 500-600 después de Cristo), tiempo en el que el sitio parece haberse convertido en una ciudad de cierta importancia, se construye el Templo de los Mascarones, estructura ornamentada originalmente con ocho mascarones de estuco (de los cuales sólo se conservan cinco), considerados como una de las muestras más acabadas de la iconografía maya de esa época. El mensaje simbólico de estos mascarones es muy complejo y ha dado pie a numerosas interpretaciones, habiéndose convertido, asimismo, en una de las imágenes más características del actual estado de Quintana Roo. Durante este periodo se construyen, también, los tres templos principales del conjunto Ya’axná.

Es en el Clásico Tardío (600-900 después de Cristo) cuando Kohunlich se convierte en un enorme asentamiento y se construye la mayor parte de las estructuras que hoy pueden verse como la Plaza de las Estelas, considerada el centro del sitio durante este tiempo, así como los 27 escalones y el conjunto Pixa’an, dos importantes complejos residenciales de elite. El crecimiento de la ciudad continúa hacia el Clásico Terminal (aproximadamente 900-1000 después de Cristo) y aún en el Posclásico Temprano (1000-1200 después de Cristo); sin embargo, a partir de esta fecha cesa la actividad constructiva, y la población parece dispersarse en el entorno del sitio, reutilizando como viviendas algunos de los antiguos edificios rituales, ya en ruinas, así como las áreas centrales de las antiguas plazas. La presencia de estos pobladores sólo ha podido documentarse a través de ofrendas depositadas sobre el derrumbe de algunos edificios.

Después de la conquista espanola la región quedó casi totalmente deshabitada, siendo ocupada por algunos prófugos del dominio colonial. Tiempo después, hacia finales del siglo XIX y principios del XX, comenzaron a establecerse diversos campamentos madereros y chicleros, entre los cuales estaba el que Merwin visitó a principio del siglo.

El sitio está conformado por una serie de conjuntos arquitectónicos de carácter ceremonial y residencial, algunos pudieron haber funcionado como barrios o agrupamientos familiares de alto nivel. Actualmente el recorrido se inicia en el complejo residencial asociado a la Acrópolis, donde puede observarse un interesante conjunto de edificios residenciales equipados con banquetas, nichos y diversos elementos asociados a la vida cotidiana.

De menor rango, aunque no de menor interés por ser quizá de función administrativa, son los edificios de la Plaza Merwin, donde pueden apreciarse algunos excelentes ejemplos del estilo arquitectónico propio del sitio. Aún más sencillas son las plataformas o "vías" del conjunto residencial ubicado al oeste de la Plaza Merwin; la gran cantidad de deshechos de talla recuperados durante la excavación de estos edificios permite suponer que sus habitantes eran artesanos dedicados a fabricar herramientas de pedernal.

En Kohunlich también se han excavado una serie de edificios residenciales que habían sido ocupados por la elite gobernante del sitio; los más importantes son los correspondientes a los conjuntos conocidos como los 27 Escalones y Pixa'an, el último de los cuales aún se encontraban en proceso de exploración durante 1999. En ambos se ha excavado un complejo sistema de palacios y estructuras residenciales, al interior de las cuales fueron enterrados diversos personajes de alto rango.