La ciudad que hubo en lo que hoy en día es el Yacimiento Arqueológico de Pomoná empezó a desarrollarse como otras ciudades de su época en durante el clasicismo, alcanzando su mayor apogeo en los últimos años del clasicismo hasta perder importancia a principios de la etapa postclásica.

En Pomoná habitaron los mayas que no llamaban a su centro por el nombre que tiene en la actualidad. Los mayas levantaron Pomoná en la cuenca del río Usumacinta que tuvo una gran importancia en los ámbitos de la política y la economía de la región ya que por él pasaban los productores y mercaderes que se dirigían a la llanura de la costa. Por lo que el río se convirtió en un canal para el intercambio y el comercio de bienes con los que el pueblo maya subsistió.

La ciudad se compone de seis grupos arquitectónicos, todos ellos de importancia, además de las zonas habitacionales. Su extensión alcanza las ciento setenta y cinco hectáreas. Los expertos en arqueología y este tipo de ciudades han determinado que Pomoná es de las de tipo disperso porque hay bastante distancia entre las cimas de las colinas donde están los monumentos.

el lugar fue descubierto en el ano 1959 de pura casualidad cuando un grupo de agricultores y trabajadores de la banca exploraban el terreno.